Senieji rašytiniai šaltiniai liudija, kad tam tikrų teritorijų saugojimo tradicijos Lietuvoje ėmė klostytis dar pagonybės laikais: tada daug krašto girių, dažniausiai ąžuolynai, laikytos šventomis. Jų statusą šiandien sunku apibrėžti, tačiau to meto moralės normos niekam neleido pažeisti šių teritorijų apsaugos reikalavimų.
Vėlesniais, jau LDK laikais saugomomis taip pat paskelbta daug girių, tačiau jų apsaugos tikslai dažniausiai buvo praktiniai ir atitiko anaiptol ne visų visuomenės sluoksnių poreikius. Galiojo atitinkamos kunigaikščiams ir kitiems žemvaldžiams priklausiusių žemės plotų ir miškų apsaugos taisyklės. Jomis dažniausiai buvo siekiama apsaugoti kurių nors medžiojamųjų gyvūnų populiaciją ir kartu uždrausti žemesniesiems visuomenės sluoksniams naudotis šiais ištekliais. Apie prievoles žemvaldžiams, kaip ir apie paties draustinio (miško, pelkės) sunaikinimo pavojų, senuosiuose dokumentuose neužsimenama. Viduramžiais draustiniuose buvo ribojama ne tik medžioklė, tam tikrais laikotarpiais juose neleista net lankytis, kad nebūtų trikdoma gyvūnų ramybė. Beje, gyvūnų buveinių, pačių gyvūnų ir įdomių bei retųjų augalų apsaugai itin svarbios buvo jokiuose teisės aktuose neapibrėžtos visuomenės moralės nuostatos.
1918, paskelbus Lietuvos Nepriklausomybę, pradėtos steigti saugomos teritorijos – rezervatai. Jų kūrimo idėjas puoselėjo prof. Tadas Ivanauskas, kiti to meto mokslininkai ir visuomenės veikėjai. Iki Antrojo pasaulinio karo Lietuvoje buvo įsteigti 3 rezervatai: Žuvinto, Kiauneliškio ir Kamšos. Visų jų vertė, kaip patvirtino laikas, buvo skirtinga. Šiandien Žuvintas, kaip ypatingos svarbos saugoma teritorija, žinomas visoje Europoje. Kamšos draustinis, atsidūręs pačiame Kauno mieste, svarbus savo praeitimi, o Kiauneliškio sengirės dalis, esanti Labanoro regioniniame parke, paskelbta šio parko rezervatu.
Iš karto po karo pradėti steigti medžioklės draustiniai, ūkiai, rezervatai. Iki šių dienų daugelio jų neliko, tačiau tuo metu jie padėjo išsaugoti svarbiausias medžiojamųjų, kitų vertingų gyvūnų buveines ir pačius gyvūnus. Be to, kai kurių buvusių draustinių vietoje vėliau buvo įkurti nauji draustiniai, rezervatai ar nacionaliniai parkai. 1960–1975 įsteigta beveik šimtas draustinių, saugomos teritorijos tada sudarė 2 % šalies ploto. 1974 įsteigtas pirmasis nacionalinis (dabar – Aukštaitijos) parkas, 1975 – Čepkelių, 1979 – Kamanų, 1991 – Viešvilės valstybiniai rezervatai. 1991 įsteigti Dzūkijos, Žemaitijos, Kuršių nerijos ir Trakų nacionaliniai parkai. 1992 įkurta 30 regioninių parkų. Saugomų teritorijų plotą papildė 254 valstybiniai ir apie 300 savivaldybių įsteigtų draustinių. 1990 saugomos teritorijos sudarė 11,5 bendro Lietuvos ploto. Saugomų teritorijų sistemai priklauso ir saugomi kraštovaizdžio objektai (apie 400 gamtos ir 3719 kultūros) bei gamtos ir kultūros paminklai (2000 atitinkamai 159 ir 965).
Svarbiausias teisinis dokumentas, kuriuo remiantis steigiamos ir saugomos gamtinės, istorinės ar kultūrinės teritorijos, yra Saugomų teritorijų įstatymas. Jis nustato visuomeninius santykius, susijusius su saugomomis teritorijomis, saugomų teritorijų sistemą, saugomų teritorijų steigimo, apsaugos, tvarkymo ir kontrolės teisinius pagrindus, taip pat reglamentuoja veiklą jose.
Saugomos teritorijos statusas tam tikrai vietovei suteikiamas tik atlikus jos ir joje esančių objektų, gamtinių bei kultūrinių kompleksų tyrimus. Jei teritorija turi pripažintą mokslinę, ekologinę, kultūrinę ar kitokią vertę, joje nustatomas specialus režimas. Visose saugomose teritorijose, išskyrus rezervatus, gali būti sudaromos sąlygos pažintiniam turizmui.
Lietuvos saugomų teritorijų sistemai priklauso šių kategorijų teritorijos:
1) konservacinės apsaugos prioriteto teritorijos – rezervatai, draustiniai ir paveldo objektai;
2) atkuriamosios apsaugos prioriteto teritorijos – atkuriamieji bei genetiniai sklypai;
3) ekologinės apsaugos prioriteto teritorijos – ekologinės apsaugos zonos;
4) kompleksinės saugomos teritorijos – valstybiniai (nacionaliniai ir regioniniai) parkai, biosferos stebėsenos (monitoringo) teritorijos – biosferos rezervatai ir biosferos poligonai.
Lietuvos saugomoms teritorijoms gali būti suteikiamas Europos Bendrijos svarbos specialių saugomų teritorijų statusas, taip pat tarptautinės svarbos saugomų teritorijų statusas. Europos Sąjungos šalys buveinėms ir paukščiams bei svarbioms teritorijoms išsaugoti sukūrė Europos ekologinį tinklą. Natura 2000, kurio dalimi taps ir nemažai jo reikalavimus atitinkančių Lietuvos saugomų teritorijų. Planuojama paukščių apsaugai svarbių teritorijų statusą suteikti 90 teritorijų ir buveinių apsaugai svarbiomis įvardyti apie 300 teritorijų.
Pasaulio kultūros ir gamtos paveldo konvencijos nustatyta tvarka vertingiausioms Lietuvos teritorijoms gali būti suteikiamas išskirtinės pasaulio paveldo vietovės statusas. Šiuo metu į UNESCO pasaulio paveldo sąrašus įtrauktas Vilniaus senamiestis ir Kuršių nerija, tikimasi, kad toks pat statusas bus suteiktas Kernavės kultūros rezervatui ir Trakų istoriniam nacionaliniam parkui.
1993 metais 5 saugomos teritorijos (Žuvinto, Čepkelių, Kamanų, Viešvilės rezervatai ir Nemuno deltos regioninis parkas) buvo pripažintos Ramsaro konvencijos teritorijomis. Ši konvencija skirta paukščiams svarbių šlapžemių - pelkių, seklių ežerų - apsaugai.
