Baltijos jūros vanduo tik apysūris ir jo druskingumas mažesnis negu daugelio panašių jūrų. Didžiausias druskingumas (30–32 %) Kategate ir kituose Danijos sąsiauriuose, kuriais atiteka druskingesnis Šiaurės jūros vanduo. Jis plūsta priedugniu į Baltiją, gėlesnis vanduo srūva paviršiumi į Šiaurės jūrą. Šie du sluoksniai, tankesnis apatinis ir mažesnio tankio viršutinis, beveik nesimaišo. Šiaurės ir rytų kryptimis druskingumas mažėja, o kai kuriose įlankose, užutekiuose ir lagūnose vanduo visai gėlas. Daugiausia gėlo vandens į jūrą atplukdo didžiosios upės: Dalalvenas, Angermanalvenas, Lulealvenas, Neva, Dauguva, Nemunas, Prieglius, Vysla, Oderis. Jo kiekį papildo mažesnės upės, ledo ir sniego tirpsmo vandenys bei krituliai. Lietuvos priekrantėje ties Palanga paviršinio vandens druskingumo vidurkis siekia apie 6,61 ‰, ties Klaipėda gali kisti nuo 0 iki 10,12 ‰. Čia druskingumas ypač sumažėja pučiant pietų vėjui, kai į jūrą per Kuršių marias suplūsta daug gėlo Nemuno vandens. Tiesiai į jūrą gėlą vandenį plukdo mažesnės upės: Šventoji, Rąžė, Cypa ir Rikinė.
Baltijos jūrai nebūdingi dideli potvyniai ir atoslūgiai, ties Klaipėda jie tesiekia 4 cm. Vandens lygio svyravimai susiję su vyraujančių vėjų sukeltomis ir . Jų svyravimo amplitudė – apie 2 m.
